首先是水污染給人的身體健康造成的危害，由于水在人體的新陳代謝中起著非常重要的作用，人們可以一天不吃飯，但一天不喝水是不可以的，水中某些元素的影響都會造成人類某些疾病的發生，何況水中含有有害物質，直接危害的就是人類的身體健康。被污染的水中含有某些有害物質，很有可能會導致肝癌和胃癌的發生。
其次是水污染對水中生物的影響，由于人們把污染物排放進水中，影響了水中魚蝦類的健康，同時也會導致水中平衡的破壞，造成水中生物無法生存，而有些魚類由于生活在這樣的水中，魚肉中也會含有有害物質，人類食用魚肉也會對自身的健康造成影響。
比較重要的是，水污染也會對工農業產生影響，工業生產中也離不開水，對水的質量也是有要求的，農業生產也會受到影響，一旦工農業受到影響，這就影響了整個國家經濟的發展水平，和發展速度，可見水污染對人類的影響是至關重大的。
水污染后，通過飲水或食物鏈，污染物進入人體，使人急性或慢性中毒。砷、鉻、銨類、笨并(a)芘等，還可誘發癌癥。被寄生蟲、病毒或其它致病菌污染的水，會引起多種傳染病和寄生蟲病。 重金屬污染的水，對人的健康均有危害。被鎘污染的水、食物，人飲食后，會造成腎、骨骼病變，攝入硫酸鎘20毫克，就會造成死亡。鉛造成的中毒，引起貧血，神經錯亂。六價鉻有很大毒性，引起皮膚潰瘍，還有致癌作用。飲用含砷的水，會發生急性或慢性中毒。砷使許多酶受到抑制或失去活性，造成機體代謝障礙，皮膚角質化，引發皮膚癌。有機磷農藥會造成神經中毒，有機氯農藥會在脂肪中蓄積，對人和動物的內分泌、免疫功能、生殖機能均造成危害。稠環芳烴多數具有致癌作用。氰化物也是劇毒物質，進入血液后，與細胞的色素氧化酶結合，使呼吸中斷，造成呼吸衰竭窒息死亡。 世界上80%的疾病與水有關。傷寒、霍亂、胃腸炎、痢疾、傳染性肝類是人類五大疾病，均由水的不潔引起。
