去離子水處理設備始終都是需要進行清洗的，在RO系統表現出污染的傾向、長時間停運之前，建議進行RO系統清洗操作。當出現下列污染特征(標準化后產水量下降10~15%，標準化后產水水質下降10~15%，或者給水與濃水間的壓降增加10~15%)時，表明該RO系統已經到了需要清洗的時候了。
由于RO系統出現污垢而需要清洗去離子水處理設備的頻率隨地點的不同而發生變化，從一般習慣方面來說可接受的清洗頻率是3~12個月一次。如果每個月不得不清洗一次以上，那么就需要改善RO的預處理系統，調整RO系統的運行參數，如果每1~3個月需要清洗一次，則需要在提高當前去離子水處理設備的運行水平上做調試工作，但是否需要改進預處理系統還很難判斷。
在RO設計當中通常會忽視使用去離子水處理設備中的水沖洗系統中的污垢，采用該法可有效減少RO的清洗次數。在設備停運期間用產品水浸泡RO膜組件有助于溶解垢和松散沉積物，因此來降低化學清洗的頻度。
有許多因素與選擇合適的清洗化學藥品和正確的清洗方法都有著直接的聯系。一旦辨明污染的種類之后，強烈建議采用一種或多種的清洗藥品。有一些清洗液中還添加了洗滌藥劑，這將會有助于清除污染嚴重的生物和有機雜質。其它的清洗添加有象EDTA之類的螯合劑，這些螯合劑有助于清除膠體、有機物、生物雜質和硫酸鹽垢等雜質元素。如果選用不正確的清洗藥品或清洗步驟不正確，就有可能會加重膜的污堵情況。
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